Bioinfo Scripts v2.0

Coleção otimizada de scripts para análise de dados de bioinformática.
Focado em WGS bacteriano, pipelines automatizados e gestão eficiente de dados.

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Ferramentas Disponíveis

Scripts otimizados com interface moderna, validação robusta e documentação completa

FASTQ Renamer

Otimizado

Renomeia arquivos FASTQ com padrões inteligentes. Suporte a busca recursiva, backup automático e validação.

Python 3.8+ CLI Logging

Funcionalidades:

  • Lista todas as ferramentas por categoria
  • Execução unificada de scripts
  • Setup automático de dependências
  • Configuração de ambiente

Documentação

Guias completos, exemplos práticos e melhores práticas para usar as ferramentas

Quick Start

1. Clone o Repositório

git clone https://github.com/Felipeleii/bioinfo-scripts.git
cd bioinfo-scripts

2. Setup do Ambiente

python bioinfo_manager.py setup

3. Listar Ferramentas

python bioinfo_manager.py list

4. Executar Ferramenta

python bioinfo_manager.py run fastq_renamer /path/to/data --dry-run

Exemplos Práticos

Renomear Arquivos FASTQ

# Renomear mantendo primeiro e último campo
python fastq_renamer.py /dados/fastq --pattern first_last --backup

# Modo dry-run para testar
python fastq_renamer.py /dados/fastq --dry-run --verbose

Resultado: N1_010_1.fastq.gz → N1_1.fastq.gz

Instalação e Dependências

Requisitos do Sistema

  • Python 3.8 ou superior
  • Git (para clonagem)
  • Linux, macOS ou Windows
  • Mínimo 4GB RAM

Dependências Python

pip install biopython pandas

Ferramentas Externas (Opcional)

  • Nextflow (para Bactopia)
  • Docker ou Singularity
  • Java 11+ (para Nextflow)

Setup Completo

./setup_environment.sh

Download

Baixe os scripts individuais ou o pacote completo

Pacote Completo

Todos os scripts + documentação

Scripts: 15+
Tamanho: ~2MB
Formato: ZIP / TAR.GZ
Download ZIP Git Clone

Scripts Individuais

Baixe apenas o que precisa

Notas da Versão 2.0

Novidades

  • • Sistema de gerenciamento centralizado
  • • Interface gráfica Bactopia otimizada
  • • Validação robusta de entrada
  • • Logging detalhado e colorido
  • • Backup automático de arquivos
  • • Modo dry-run para testes
  • • Suporte a múltiplos formatos

Melhorias

  • • Performance otimizada (até 3x mais rápido)
  • • Detecção automática de conflitos
  • • Argumentos via linha de comando
  • • Documentação integrada (--help)
  • • Tratamento de erros aprimorado
  • • Compatibilidade cross-platform
  • • Código mais limpo e modular

Compatibilidade: Scripts v1.x podem ser migrados automaticamente usando o comando bioinfo_manager.py migrate

="fas fa-check text-green-500 mr-2">Padrões first_last e first_only
  • Modo dry-run para testes
  • Backup automático
  • Busca recursiva

    • FASTA Renamer

    Otimizado

    Renomeia arquivos FASTA com múltiplos padrões. Detecção de conflitos, backup automático e validação.

    Multi-formato Conflict Detection Backup

    Padrões Suportados:

    • first_only: HSP1_001.fasta → HSP1.fasta
    • first_two: HSP1_001_species → HSP1_001.fasta
    • species_format para nomenclatura científica

    Contig Separator

    Otimizado

    Separa contigs de arquivos multi-FASTA por isolado. Análise estatística, filtros por tamanho e regex customizável.

    BioPython Regex Statistics

    Recursos Avançados:

    • Múltiplos padrões de ID (S10_005, HSP1_001)
    • Filtros por tamanho min/max
    • Relatório estatístico detalhado
    • Saída FASTA ou GenBank

    Assembly Renamer

    Novo

    Renomeia arquivos assembly_contigs.fasta usando nome da pasta. Formato padronizado para análises downstream.

    PowerShell Bash Cross-platform

    Exemplo de Conversão:

    Antes:
    Staphylococcus aureus amostra 08/.assembly/assembly_contigs.fasta
    Depois:
    SA_008.fasta

    Bactopia GUI

    Otimizado

    Interface gráfica completa para Bactopia. Auto-detecção paired-end, configuração de recursos e execução automatizada.

    Tkinter Nextflow Docker

    Interface Moderna:

    • Abas organizadas (Config, Amostras, Execução)
    • Auto-detecção FASTQ paired/single
    • Log em tempo real
    • Configuração de recursos (CPU/RAM)

    Tools Manager

    Novo

    Sistema centralizado para gerenciar e executar todas as ferramentas. Setup automático de ambiente e configuração.

    CLI Manager Setup

    Funcionalidades: